1. 광학현미경- 유리렌즈를 사용하며, 광원(빛)은 가시광선을 이용한다. 따라서 칼라로 관찰이 가능하다.
가. 일반광학현미경(light or bright-field microscope)
광원으로부터 나오는 빛을 집속렌즈가 빛을 모아서 시료에 조사하면 대물렌즈에서 일차확대상을 만든 후 접안렌즈에서 최종 배율(확대된 상)을 결정하여 눈으로 관찰할 수 있게 된다. 대안렌즈는 대개 10배의 배율을 갖고, 대물렌즈는 보통 4, 10, 25, 40, 100배 렌즈 중에서 선택을 할 수 있으므로 만일 10배의 대물렌즈로 시료를 관찰한다면 최종 관찰배율은 10x10=100 즉 100배의 배율이 된다.
나. 위상차현미경(phase contrast microscope)
굴절률의 차이를 이용하여 표본(시료)을 관찰하는 방법으로 염색되지 않은 살아있는 세포를 관찰하는데 유용하나 굴절률이 낮은 일반 염색된 시료에는 부적합하다. 생물체 따위를 현미경으로 볼 때 각 부분에 투과되는 빛의 위상차(굴절률의 차이)를 명암의 차로 바꾸는 현미경. 이 현미경을 이용하면 염색할 필요 없이 세균의 미세한 부분까지 잘 볼 수 있다.
다. 간섭현미경(interference microscope)
미분간섭(DIC = Differential Interference Contrast) 물체가 빛을 지연시키는 현상을 이용하여, 표본을 투과한 물체광에 광원에서 분리된 간섭광을 겹치게
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