* Soultion Ⅱ : NaOH- 변성역할(chromosomal DNA-염색체 DNA)
SDS-SLS(sodium lauryl sulfate)라고도 한다. 약자가 sodium dodecyl sulfate(SDS)입니다. 계면활성제이고 생화학에서는 전기영동시에 펩타이드나 단백질에 붙는 음이온으로 주로 사용된다. soln.2가 들어가면 투명하게 되며 점도가 높은 것이 특정 장소에서는 점성을 낮추는 역할을 한다. (막들이 손상된 상태에서 SDS를 넣으면 세포가 터짐)
* Solution Ⅲ : DW(증류수)-배지나 시약을 제조할 때 쓴다. 세포는 고농도의 물질이고 증류수는 정말 순수하게 저농도의 물질이므로 그냥 세포에 증류수를 부으면 삼투현상에 의해 세포가 터져 버린다. 대신 증류수에는 여타의 이온이나 세균등이 없으므로 배지나 시약을 제조할 때는 반드시 증류수를 사용한다. soln.3가 들어가면 하얗게 되며 점도가 낮아지고 liquid phase와 protein/gDNA phase가 구분되어진다.
플라스미드를 제외한 모든 것이 산에 들어감. (덩어리 생김) 터진 것들이 다시 아무렇게나 붙는데 이 속도는 빠르다. (뿌옇다.)
Vortexing을 하는 이유? - 잘 섞이게 하기 위해.
Phenol은 단백질 제거를 하는 역할을 한다.
정제된 plasmid를 전기영동 하였을 때 나올 수 있는 DNA밴드
*conformation(구조)을 이용한 분리 - plasmid는 3가지 형태로 존재 (하나의 plasmid가 electrophoresis상에 3개의 band로 보인다.) linear > open circular > supercoiled
①alkaline denaturation(변성)을 이용
pH변화에 따라서 non-supercoiled DNA가 denaturation되는 성질을 이용 그러나 supercoiled DNA는 안정함
ⓐ sodium hydroxide 첨가 (pH 12~12.5) - non-supercoiled DNA의 H-bonding을 파괴하여 single stranded DNA형성
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