치료원인균에 따른 치료를 하며, 항생제를 이용하여 치료한다. 그러나 중증의 경우에는 적절한 항생제를 쓰더라도 계속 병이 진행되어 사망하기도 한다. 일반적으로 지역사회에서 발생한 폐렴의 경우 세균성 폐렴으로 가정하고 경험적인 항생제 치료를 하고, 원인 미생물이 밝혀지면 그에 적합한 항생제를 선택하여 치료한다. 독감과 같은 바이러스성 폐렴은 증상 발생 초기에는 항바이러스제의 효과가 있으나 시일이 경과한 경우에는 항바이러스제의 효과가 뚜렷하지 않다.
합병증이 없거나 내성(약물의 반복 복용에 의해 약효가 저하하는 현상)균에 의한 폐렴이 아니라면 보통 2주간 치료한다. 스스로 호흡이 불가능할 정도로 중증인 경우에는 중환자실에서 인공호흡기에 의지하여 치료를 받아야 한다.
혈액, 객담배양 및 항생제 민감성 결과에 따라 항생제를 선택하여 투여한다. 치료기간은 세균의 특성에 따라 최소 5일에서 최고 21일까지 걸릴 수 있다. 항생제 부작용인 설사, 구토, 오심, 소양증, 발진, 과민성 쇼크 등을 관찰한다.
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