염증이 장기간 지속되어 간세포의 파괴와 재생이 반복되는 과정에서 간조직이 점차 섬유화되고, 간 표면이 우둘투둘해지며 딱딱하게 변한다. 이로 인해 간으로 혈액이 잘 유입되지 않아 간 문맥압이 증가하고, 담관의 흐름을 방해하여 담즙이 정체된다. 문맥압이 증가되면 간 내 정맥혈 울혈과 하대정맥의 순환이 원활하게 이루어지지 않아 식도와 비장으로의 측부순환이 형성되며 이로 인해 식도정맥류와 비장비대가 발생한다. 또한 혈장 정수압이 증가되어 혈장이 복강내로 유출되며 복수가 발생한다.
점차 정상 기능을 할 수 있는 간세포의 수가 감소되어 단백질 합성, 해독 작용 등의 간 기능 장애가 발생한다. 알부민의 합성이 감소되어 혈장 교질삼투압이 낮아지고 이에 따라 부종이 발생하며, 비타민 K에 의한 응고인자 합성이 감소된다. 또한 빌리루빈의 대사 및 배설이 감소되어 황달이 발생하고, 암모니아의 대사 저하로 암모니아가 중추신경계를 억압하여 간성 뇌병증이 발생한다. 간경변증이 지속되면 간암 발병률도 크게 증가한다.
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