Step I . SDS-PAGE
-1차 SDS-PAGE
polyacrylamide gel은 미세한 구멍이 있어서 전기장 내에서 분자 형태, 크기, 전하량에 따라 고분자를 이동시키고 분리한다. 보통 SDS-PAGE는 두 가지의 다른 gel이 붙어있는 상태인 Disc (discontinuous pH 또는 disc) gel 전기영동으로 시행한다. 이를 사용하면 단백질 시료가 gel에 apply되었을 때 모든 시료가 같은 점에서 출발할 수 있도록 압축이 되고, 그 다음에 성질에 따라 분리되게 된다. 이 전기 영동법은 glycine과 Tris-HCl에 의한 수소 이온농도 구배를 가져서 단백질이 가진 음전하량에 따라 보다 효과적으로 단백질을 분리할 수 있다. SDS-PAGE에서 단백질은 고유한 3차 구조를 잃고 linear 상태가 되어 순전히 분자량에 따라 분리가 된다.
-2차원 SDS-PAGE
위의 1차 SDS-PAGE는 단일 gel에서 약 100개의 단백질을 분리할 수 있다. 비슷한 분자량의 다른 단백질들은 이러한 방법만으로는 효과적으로 분리될 수 없다. 2차원 SDS-PAGE는 고분리능을 가지고 있는데 이것은 단백질이 가지는 전하량에 따라 분리를 한 후(IEF, isoectric focusing), 분자량에 따라 (SDS-PAGE) 또 분리하는 것이다.
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