[생명과학실험레포트]_GEO를 이용한 생명정보 및 시스템 생물학 분석 A+레포트 입니다.

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목차

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본문내용

<개념파악 문제>
1. GEO가 무엇인지와 이런 데이터베이스가 필요한 이유를 설명하시오.
-GEO란 gene expression omnibus의 약자로 연구자들이 제공한 microarray, next generation-sequencing 혹은 다른 형태의 high-throughput functional genomic data를 보관하고 자유롭게 다운받고, 분석 툴을 제공하여 원하는 결과를 도출할 수 있게 하는 NCBI에서 구축한 데이터 베이스이다.
-이러한 데이터 베이스가 필요한 이유는 개인연구자의 입장에서 본인의 연구데이터를 저장할 수 있는 저장소가 필요하기 때문이고, 유전체 관련 정보양이 증가함에 따라 수많은 데이터를 한번에 저장할 수 있는 저장소가 필요하기 때문이다. 또한, 단순히 저장만 하는 것에서 나아가 원하는 데이터를 검색해서 쉽게 다운로드 받고 분석할 수 있는 툴과 공간을 제공할 수 있는 시스템은 필수적이므로 GEO와 같은 데이터베이스는 필요하다.

2. Microarray와 RNA seq 데이터의 장단점 3개 이상 찾아 설명하시오.
-Microarray는 cDNA에 형광물질을 라벨링하여 array에 흩뿌리게 되면 각 chip 안에있는 유전자의 prove에 형광물질이 붙은 cDNA가 붙어서 형광을 발현하게 되는데 이때 나타나는 형광의 세기로 유전자들의 발현정보를 알 수 있다. 또한, 한번의 실험으로 수만개,수천개의 유전자들에 대한 발현정보를 알 수 있는 장점이 있다. 그러나 오직 chip위에 존재하는 염기서열과만 결합할 수 있다는 단점이 있고, cross-hybridization(교차혼성화)가 일어나면 정확한 원인을 알 수 없다는 한계가 있다.
-RNA seq의 경우 모든 RNA의 서열정보 뿐만 아니라 발현양, 유전자구조 등을 분석할 수 있다는 장점이 있고, 분석방법이 다양하다는 장점이 있다. 또한 Microarray에 비해 background noise가 약해 발현량이 낮은 유전자임에도 정확하게 측정할 수 있다는 장점이 있다. 추가로 microarray와는 달리, reference genome의 서열만 알려져 있으면 연구를 하는데 추가비용이 들지 않는다는 장점이 있다.

참고 자료

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