차세대 염기서열 분석 NGS

소개

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목차

1. 차세대 염기서열 분석 (Next Generation Sequencing; NGS) 이란?

2. Illumina사의 염기서열 합성 분석 (Sequencing by synthesis; SBS)
1) Sample Preparation
2) Cluster Generation
3) Sequencing
4) Data Analysis

3. Pacific Biosciences사의 단일 분자 실시간 염기서열 분석 (Single-molecule real-time sequencing; SMRT)
1) Sample Preparation
2) Sequencing
3) Data Analysis

4. Illumina와 Pacbio sequencing 비교.

5. 결론

본문내용

기존의 sanger sequencing과 달리 차세대 염기서열 분석은 다량(백만 개 이상)의 DNA fragment를 병렬로 처리하여 매우 빠르게 분석이 가능하다. 차세대 염기서열 분석의 등장으로 유전체 분석에 필요한 비용이 급감하여 여러 분야에 다양하게 활용되고 있다.

하나의 유전체를 무수히 많은 조각으로 분해하여 각 조각을 동시에 읽어내고, 생물 정보학적 방법을 활용해 데이터를 조합하여 다량의 유전정보를 빠르게 해석한다. 이런 차세대 염기서열 분석의 기본 이론은 1992년 시드니 브레너에 의해 제시되었으나, 기술력의 한계로 2004년에 최초로 상용화 되었다. 차세대 염기서열 분석은 얼마나 많은 read 수를 만들고 얼마나 긴 read length를 가지는지 중요하지만, 플랫폼 별로 생성하는 염기서열의 정확도 또한 중요하다. 플랫폼의 종류로는 Pacific Biosciences사의 단일 분자 실시간 염기서열 분석 (Single-molecule real-time sequencing), 이온반도체・이온 토런트 염기서열 분석 (Ion semiconductor・Ion Torrent sequencing), 파이로 시퀀싱・454 염기서열 분석 (Pyrosequencing・454 technology), Illumina사의 염기서열 합성 분석 (Sequencing by synthesis), SOLiD사의 염기서열 묶음 분석 (Sequencing by ligation), 나노포어 (Nanopore Sequencing), 생어 시퀀싱 (Sanger sequencing) 등이 있다. 이들 중 고전적인 염기서열 분석 방법인 생어 시퀀싱보다 빠른 플랫폼을 차세대 염기서열 분석 (NGS)이라 한다. Illumina sequencing과 Pacific bioscience sequencing도 이 플랫폼 중 하나이다.

참고자료

· https://www.youtube.com/watch?v=-nOr5B_bF3A
· https://www.youtube.com/watch?v=lT3NqhKD840
· https://www.youtube.com/watch?v=WMZmG00uhwU
· https://www.youtube.com/watch?v=CZ6FPF1cOOc
· 네이버 지식백과 ‘차세대 염기서열 분석’