Smile, Smarts (The simplified molecular-input line-entry system & A Language for Describing Molecular Patterns)

소개글

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목차

Ⅰ. SMILES, The simplified molecular-input line-entry system
1. 정의
2. 표기법
3. 예시

Ⅱ. SMARTS, A Language for Describing Molecular Patterns
1. 정의
2. 표기법
3. SMILES와 비교

Ⅲ. Python에 응용

본문내용

1. 정의
SMILES는 짧은 ASCII 문자열을 사용하여 화학 종의 구조를 설명하기 위한 선형 표기법 형태의 규격이다. SMILES 문자열은 대부분의 분자 편집기에서 가져와 2차원 도면 또는 분자의 3차원 모델로 변환할 수 있다. 원래의 SMILES 규격은 1980년대에 시작되었다. 그 이후로 그것은 수정되고 확장되었다. 2007년에 오픈 소스 화학 커뮤니티에서 ‘OpenSMILES’이라는 개방형 표준이 개발되었다.
SMILES라는 용어는 분자 구조를 인코딩하는 선 표기법을 말하며, 특정 인스턴스는 엄격히 SMILES 문자열이라고 부른다. 그러나 SMILES라는 용어는 일반적으로 단일 SMILES 문자열과 다수의 SMILES 문자열을 지칭하는 데 사용된다. 정확한 의미는 대개 문맥에서 뚜렷하다. "canonical"과 "isomeric"이라는 용어는 SMILES에 적용할 때 혼란스러울 수 있다. 이 용어는 SMILES 문자열의 서로 다른 속성을 설명하며 상호 배타적이지 않다. 일반적으로 분자에 대해 동일한 유효 SMILES 문자열의 수가 작성될 수 있다. 예를 들어, CCO, OCC C(O)C는 모두 에탄올의 구조를 지정한다. 알고리즘은 주어진 분자에 대해 동일한 SMILES 문자열을 생성하기 위해 개발되었다. 가능한 많은 문자열 중 이 알고리즘은 그것들 중 하나만 선택한다. 이 SMILES는 그것을 생성하는 데 사용되는 표준화 알고리즘에 따라 다르지만 각 구조에서 고유하며, 표준 SMILES라고 불린다. 이러한 알고리즘은 먼저 SMILES를 분자 구조의 내부 표현으로 변환한다. 그런 다음 알고리즘은 그 구조를 검사하고 고유한 SMILES 문자열을 생성한다. 표준 SMILES를 생성하기 위한 다양한 알고리즘이 개발되었으며 여기에는 광화학 정보 시스템, OpenEye 과학 소프트웨어, MEDIT, 화학 컴퓨팅 그룹, MolSoft LLC 및 화학 개발 키트가 포함된다. 표준 SMILES의 일반적인 적용은 데이터베이스 내 분자의 고유성을 보장하는 것이다.

참고 자료

없음