응용미생물학 정리 Gut Microbiome

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본문내용

Alpha diversity
-Species richness: microbiome에 얼마나 다양한 종이 존재하는가
-Species abundance (evenness): microbiome의 종들이 얼마나 골고루 조성되어 있는가
→ nutrient의 종류와 양에 의해 결정됨, sample size의 영향도 크게 받음
-Rarefaction curve: clone과 phylotype의 수를 비교, sample에 존재하는 종의 다양성에 비해 sequencing이 얼마나 충분히 되었는가를 나타내는 표
-Species diversity: richness와 evenness를 모두 고려
Ex) Chao1, Shannon index, Observed OTUs, PD whole tree

Beta diversity
: 서로 다른 sample들 간의 community가 유사한지를 비교, 유사한 것들끼리 묶음
-UPGMA: 가까운 sample들끼리 묶어 나가는 과정을 반복

참고 자료

없음