[식품분석학실험]DNA extraction & qRT-PCR

목차

1. 실험 목적

2. 실험 이론 및 원리
가. DNA extraction
나. qRT-PCR
다. Amplification plot

3. 실험 기구 및 시약
가. 실험 재료

4. 실험 방법
가. Day 1 DNA Extraction
나. Day 2-3 qRT PCR 및 결과 확인

5. 실험 결과
가. Day 1 (10/13) DNA Extraction 후 spectrophotometer로 찍어본 결과
나. Day 2-3 (10/14-15) qRT- PCR 결과

6. 토의 사항
가. 실험 고찰

본문내용

1. 실험 목적
1.1. 경상도 지방 김치에서 균주를 분리하여 DNA를 추출하고, qRT PCR을 통하여 Lactobacillus와 같이 프로바이오틱스의 특성을 보이는 균주가 존재하는지를 알아본다.

2. 실험 이론 및 원리
2.1. DNA extraction
2.1.1. Bead beating
박테리아의 세포로부터 DNA를 추출하기 위해서는 먼저 세포를 깨는 작업이 필요하다. 이 때, bead를 이용하는 과정을 bead beating이라고 한다. 이 방법은 Tim Hopkins가 1970년대 후반에 고안한 방법으로 DNA를 분리하기 위하여 작은 유리 구슬, ceramic 또는 steel beads을 넣어서 sample과 섞는 것이다. 이때, sample과 같은 부피로 구슬을 넣어 강력한 vortex mixer로 섞어주면, 구슬들이 세포벽을 붕괴 시켜 세포 내 구성 성분을 밖으로 나오게 한다. Bead beating을 할 때에는 shaking machine의 형태와 적당한 구슬의 사이즈와 재질이 중요하다.
2.1.2. Isopropanol, Ethanol, Elution Buffer의 역할
DNA는 인산기의 음전하 때문에 극성을 띠고 있다. 극성은 극성을 녹인다는 말이 있듯이 DNA 역시 물이나 극성이 높은 용액에 잘 녹는다. 하지만 DNA를 침전시키기 위해 Isopropanol이나 ethanol을 사용할 경우 DNA의 solubility가 감소하게 된다. 그 이유는 Ethanol이나 Isopropanol을 첨가 시, 이들이 물과 DNA의 상호작용을 방해하기 때문이다. 이러한 용액들은 DNA를 둘러싸고 있는 hydration shell을 제거해서 음전하를 띠고 있는 DNA 인산기를 노출시킨다. 이 음전하들이 Na+ 같은 것들과 만나면 DNA들간의 반발력이 제거되어 DNA끼리 서로 뭉쳐 침전이 가능해진다.
하지만 isopropanol과 ethanol사이에는 DNA의 용해도 및 Salt의 용해도, 휘발성 측면에서 차이점을 가지고 있다.

참고 자료

없음