이때 , 가장 유사한 구조를 찾아야하는데 이때 사용하는 조건은 coverage와 Identity이다.
-Ident: 서열의 상동성이 높을수록 정확한 모델링이 가능하다. 70% 이상이 매우 좋은 경우인데 높은 서열이 첫번째로 좋은 경우는 아니기 때문에 다른 경우를 생각해야한다
-coverage:검색한 protein과 아미노산 서열의 공통된 정도.
Identity가 높다고 가장 유사한 것이 아니기 때문에 coverage의 값까지 두가지를 적절한 조건에서 선택하는데. Identity는 27%까지 그리고 coverage는 0.82 범위에 있는 상위 5가지를 선택한다.
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