분류와 명명은 밀접한 상호 의존 관계를 가지고 있다. 특히 어미가 “-ase(-아제)”로 끝나는 것들의 이름들은 단일 효소들, 즉 단일하고 독립적인 촉매들에 대해서만 사용되어야 한다. -ase로 끝나는 효소명들은 한 가지 이상의 효소들을 함유하는 계들에 적용되어서는 안 된다. 이러한 계의 이름을 그 계가 촉매하는 전체 반응에 기초하여 붙이고자 할 때는 그 이름에다 “계”라는 단어를 포함시켜야 한다. 예를 들면, 분자상태의 산소에 의한 숙신산의 산화를 촉매하는 계는 숙신산 탈수소효소, 시토크롬 산화효소 및 몇 가지 중간 운반체들로 구성되어 있으므로 이 계를“식신산 산화효소(succinatate oxidase)"라고 불러서는 안 되고 ”숙신산 산화효소계(succinate oxidase system)"라고 불러야 할 것이다. 구조적으로 그리고 기능적으로 결합되어 있는 효소들(및 보조인자들)로 구성되는 계들의 그 밖의 예들로서는 “피루브산 탈수소효소계(pyruvate dehydrogenase system)", 유사한 ”2-옥소글루타르산 탈수소효소계(2-oxoglutarate dehydrogenase system)", “지방산 합성효소계(fatty acid synthetase system)" 등을 들 수 있다.
2. 추천명 및 체계명
최초의 효소위원회는 효소들에 대한 체계적이고 논리적인 명명에 관한 문제에 관해서 많이 유의하였으며, 마침내 효소들에 대해서 두 가지 명명법이 있어야 함을 추천하였다. 즉, 체계명과 실용적 명명, 즉 관용명들은 사용할 것을 추천하였다. 명확한 규칙들에 따라서 만들어진 효소의 체계명은 그 효소의 작용을 가능한 한 정확하게 나타내었으며, 그것이 무슨 효소인지를 정확하게 알려 줄 수가 있었다. 관용명은 일반적으로 사용할 수 있게끔 충분히 짧은 말로 되어 있었다. 그러나 매우 체계적인 필요는 없었다. 거의 대부분의 경우 이 관용명은 이미 통용되고 있는 이름이었다. 체계명들은 흔히 사용하기 귀찮은 것이어서 이 체계명의 도입은 거센 비판을 받았다. 많은 경우에 있어서 괄호 안에 나타낸 촉매반응은 체계명보다 별로 더 길지 않으며, 특히 효소 번호와 함께 사용된다면 반응식만으로도 효소를 충분히 확인할 수 있다.
효소명명개정위원회는 이 문제를 매우 세밀하게 토의하여 중요한 변화를 결정하였다. 즉, 효소 목록에서 관용명들에다 우위를 주기로 결정하여, 관용명들은 지금 효소 번호 바로 뒤에 놓여 있으며, 이것들을 “추천명”으로 기술하였다. 그리고 또한 추천명들은 찾아보기에서 고딕체 활자로 나타내었다. 그렇지만, 다음과 같은 이유들 때문에 분류를 위한 기초로서뿐 아니라 확인을 위한 기초로서 체계명을 존속시키기로 결정되었다.
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