sequence alignment를 통한 phylogenetic tree 분석

목차

1. 서론
2. 본론
3. 결론

본문내용

1. 서론

prion은 양이나 염소의 스크래피병, 광우병 및 크로이츠펠트-야코프병 등 다양한 질병을 유발하는 인자로, 단백질(Protein)과 비리온(Virion:바이러스 입자)의 합성어이다. 이것은 이제까지 알려진 박테리아나 바이러스·곰팡이·기생충 등과는 전혀 다른 종류의 질병 감염인자로, 사람을 포함해 동물에 감염되면 뇌에 스펀지처럼 구멍이 뚫려 신경세포가 죽음으로써 해당되는 뇌기능을 잃게 된다.
prion protein을 가지는 생물체들의 protein sequence를 alignment시켜 phylogenetic tree로 나타냄으로서 유전적 관계를 파악해보겠다.

2. 본론

먼저 ncbi에서 prion protein을 검색한다. 총 97902개의 많은 data들이 있지만 그 중 10개의 organism을 골라서 multiple sequence alignment를 할 것이다.
골라낸 총 10개의 sequence를 FASTA format으로 저장한다.
multiple sequence alignment의 대표적인 program인 ClustalW을 사용한다.
STEP 1 : 메모장에 저장해둔 10개의 sequence를 그림의 화살표 부분에다가 넣어준다.
STEP 2는 Pairwise alignment이기 때문에 STEP 3으로 넘어가 카테고리를 선택하고,
STEP 4에 있는 submit을 클릭하여 10개의 sequence를 alignment 시켜준다. 총 10개의 sequence alignment 한 결과가 나온다.
10개의 sequence들이 한 줄에 50개씩 정렬되어 있다. 10개의 sequence들의 길이가 대략200 정도된다. 아래 *가 있는 지점은 consensus로 간주할 수 있을 만큼 같다는 것을 의미한다.
multiple sequence alignment 결과값으로 나온 scores table이다. score가 높을수록 sequence가 유사하다고 볼 수 있다.

참고 자료

없음